El tratamiento consiste en que el paciente debe aprender a incrementar las ondas “adecuadas” e inhibir las “inadecuadas”, logrando esto con la ayuda de unos sensores que se colocan en el cuero cabelludo del paciente y registran la actividad eléctrica de su cerebro, esta información pasa a una computadora que con un programa de imágenes y sonidos le avisa al paciente cada vez que produce el patrón más apropiado de actividad cerebral.
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Por ejemplo, el paciente juega una competencia de carreras de autos, si produce el patrón apropiado de actividad cerebral su auto acelera más que los demás y les gana la carrera, sin embargo, cuando produce el patrón anormal los demás autos lo pasan y pierde su lugar. La repetición constante de las condiciones favorables genera el condicionamiento de los ritmos cerebrales. Con el tiempo la persona entrenada con Neurofeedback aprende a producir el patrón óptimo de actividad cerebral por más tiempo hasta que es el que predomina en su cerebro. Literalmente cambia la estructura y función de su cerebro de forma permanente.