El tratamiento consiste en que el paciente debe aprender a incrementar las ondas “adecuadas” e inhibir las “inadecuadas”, logrando esto con la ayuda de unos sensores que se colocan en el cuero cabelludo del paciente y registran la actividad eléctrica de su cerebro, esta información pasa a una computadora que con un programa de imágenes y sonidos le avisa al paciente cada vez que produce el patrón más apropiado de actividad cerebral.

Por ejemplo, el paciente juega una competencia de carreras de autos, si produce el patrón apropiado de actividad cerebral su auto acelera más que los demás y les gana la carrera, sin embargo, cuando produce el patrón anormal los demás autos lo pasan y pierde su lugar. La repetición constante de las condiciones favorables genera el condicionamiento de los ritmos cerebrales. Con el tiempo la persona entrenada con Neurofeedback aprende a producir el patrón óptimo de actividad cerebral por más tiempo hasta que es el que predomina en su cerebro. Literalmente cambia la estructura y función de su cerebro de forma permanente.